In der Wildnis sind die Wellensittiche dunkelgrün. Durch Zucht gibt es mittlerweile unzählige verschiedene Farben bei den kleinen Papageien.
Alle Wellensittiche haben eine bestimmte Grundfarbe, die durch Züchtungen mutieren. In der Wildnis sind alle Wellensittiche grün. Das Grün reicht von oliv bis hellgrün mit allen denkbaren Farbschattierungen und Mustern. Die Gene der grünen Vögel enthalten gelbe Pigmente. Die zweithäufigste Grundfarbe bei Wellensittichen ist blau, d.h. die Gene haben weiße Pigmente. Zuchtformen können hellblau, blassblau, violett, grau und viele andere Farbtöne hervorbringen.
Verschiedene Farbfaktoren beeinflussen die Grundfarbe und die Musterung der Wellensittiche. Jeder Farbfaktor reagiert anders mit der Grundfarbe. Ein dunkler Farbfaktor bringt dunkle oder helle Highlight in das Muster, während ein heller Farbfaktor die Grundfarbe des Vogels verblassen lässt. Ein grüner Vogel mit zwei genetischen dunklen Farbfaktoren wird gewöhnlich olivgrün. Ein blauer Vogel mit einem hellen Farbfaktor wird hellgrau oder graublau. Weitere Farbmutationen sind Graufaktor, Gelbgesicht, Schwarzgesicht (Blackface), Schiefer, Violettfaktor, Satteldach und Clearwing. Jeder Faktor beeinflusst ein anderes Farbschema oder eine andere Farbmusterung an einem bestimmten Körperteil des Vogels.
Andere Farbmutaionen sind Lutino und Albino. ein Lutino ist ein gelber Vogel ohne andere Farben und ohne Musterung mit roten Augen. Ein Albino ist ein weißer Vogel ohne andere Farben und ohne andere Muster mit roten Augen.
Gescheckte Wellensittiche sind Vögel mit Flecken verschiedener Farben oder Muster, oft auch Harlekin genannt. Es gibt verschiedene Gene, die beeinflussen, wieviel Farbe oder Musterung der Vogel hat. Diese sind rezessive und dominate Gene, die zusammen mit anderen Genfaktoren fantastische und außergewöhnliche Farbmuster ergeben können.
Viele Wellensittiche haben streifenförmige Muster auf Schwingen und Kopf. Die drei Hauptfaktoren, die das Aussehen der Streifen beeinflussen sind Zimt, Opalin und gesäumt (Paillette). Zimtstreifen sind braun oder schwarz. Opalin schafft dickere oder dünnere Streifen. Gesäumt bezieht sich auf die Dicke der Streifen auf Flügeln und Schwanz.
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